MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 plasmid small ECE

Total Repeats: 406

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_001733	ATAGT	2	10	6	15	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
2	NC_001733	AT	3	6	39	44	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_001733	TTTA	2	8	82	89	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_001733	TAT	2	6	112	117	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_001733	AAT	2	6	134	139	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_001733	ATT	2	6	159	164	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_001733	TTAA	2	8	168	175	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_001733	TTC	2	6	236	241	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_001733	TTCCTC	2	12	257	268	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
10	NC_001733	TTC	2	6	269	274	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_001733	TTC	2	6	371	376	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_001733	GGAGC	2	10	400	409	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
13	NC_001733	TTAA	2	8	425	432	50 %	50 %	0 %	0 %	10954533
14	NC_001733	TTA	2	6	445	450	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10954533
15	NC_001733	TCA	2	6	547	552	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	10954533
16	NC_001733	TCA	2	6	574	579	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	10954533
17	NC_001733	AAT	2	6	623	628	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10954533
18	NC_001733	T	7	7	640	646	0 %	100 %	0 %	0 %	10954533
19	NC_001733	T	7	7	687	693	0 %	100 %	0 %	0 %	10954533
20	NC_001733	ATT	2	6	733	738	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10954533
21	NC_001733	ATA	2	6	744	749	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10954533
22	NC_001733	TAT	2	6	755	760	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10954533
23	NC_001733	AT	3	6	797	802	50 %	50 %	0 %	0 %	10954533
24	NC_001733	TTTA	2	8	810	817	25 %	75 %	0 %	0 %	10954533
25	NC_001733	TGA	2	6	849	854	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10954533
26	NC_001733	TCA	2	6	877	882	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	10954533
27	NC_001733	TTA	2	6	971	976	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10954533
28	NC_001733	TAAT	2	8	992	999	50 %	50 %	0 %	0 %	10954533
29	NC_001733	ATG	2	6	1034	1039	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10954533
30	NC_001733	AAT	2	6	1042	1047	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10954533
31	NC_001733	TTTC	2	8	1048	1055	0 %	75 %	0 %	25 %	10954533
32	NC_001733	TCT	2	6	1096	1101	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10954533
33	NC_001733	T	6	6	1107	1112	0 %	100 %	0 %	0 %	10954533
34	NC_001733	TCA	2	6	1117	1122	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	10954533
35	NC_001733	ATT	2	6	1128	1133	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10954533
36	NC_001733	ATC	2	6	1143	1148	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	10954533
37	NC_001733	TAC	2	6	1164	1169	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	10954533
38	NC_001733	T	7	7	1177	1183	0 %	100 %	0 %	0 %	10954533
39	NC_001733	TATT	2	8	1213	1220	25 %	75 %	0 %	0 %	10954533
40	NC_001733	TAA	2	6	1328	1333	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10954534
41	NC_001733	T	6	6	1378	1383	0 %	100 %	0 %	0 %	10954534
42	NC_001733	ATG	2	6	1384	1389	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10954534
43	NC_001733	TAT	2	6	1470	1475	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10954534
44	NC_001733	TCATTT	2	12	1495	1506	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	10954534
45	NC_001733	TAT	2	6	1557	1562	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10954534
46	NC_001733	CT	3	6	1593	1598	0 %	50 %	0 %	50 %	10954534
47	NC_001733	TTC	2	6	1602	1607	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10954534
48	NC_001733	ATC	2	6	1626	1631	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	10954534
49	NC_001733	TA	4	8	1660	1667	50 %	50 %	0 %	0 %	10954534
50	NC_001733	TAA	2	6	1695	1700	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10954534
51	NC_001733	TAAT	2	8	1708	1715	50 %	50 %	0 %	0 %	10954534
52	NC_001733	AAAC	2	8	1733	1740	75 %	0 %	0 %	25 %	10954534
53	NC_001733	T	6	6	1753	1758	0 %	100 %	0 %	0 %	10954534
54	NC_001733	TAA	2	6	1853	1858	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10954534
55	NC_001733	GTT	2	6	1866	1871	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	10954534
56	NC_001733	T	6	6	1897	1902	0 %	100 %	0 %	0 %	10954534
57	NC_001733	ATA	2	6	1953	1958	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10954534
58	NC_001733	T	6	6	1968	1973	0 %	100 %	0 %	0 %	10954534
59	NC_001733	AAGT	2	8	2032	2039	50 %	25 %	25 %	0 %	10954534
60	NC_001733	T	7	7	2177	2183	0 %	100 %	0 %	0 %	10954534
61	NC_001733	T	7	7	2186	2192	0 %	100 %	0 %	0 %	10954534
62	NC_001733	AT	3	6	2202	2207	50 %	50 %	0 %	0 %	10954534
63	NC_001733	TCT	2	6	2218	2223	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10954534
64	NC_001733	T	6	6	2235	2240	0 %	100 %	0 %	0 %	10954534
65	NC_001733	TAT	3	9	2247	2255	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10954534
66	NC_001733	TAGA	2	8	2295	2302	50 %	25 %	25 %	0 %	10954534
67	NC_001733	T	6	6	2307	2312	0 %	100 %	0 %	0 %	10954534
68	NC_001733	AAT	2	6	2413	2418	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10954534
69	NC_001733	TAC	2	6	2420	2425	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	10954534
70	NC_001733	AAT	2	6	2529	2534	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10954534
71	NC_001733	TAA	2	6	2555	2560	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10954534
72	NC_001733	T	7	7	2636	2642	0 %	100 %	0 %	0 %	10954534
73	NC_001733	ATT	2	6	2646	2651	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10954534
74	NC_001733	AT	3	6	2709	2714	50 %	50 %	0 %	0 %	10954534
75	NC_001733	TAA	2	6	2733	2738	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10954534
76	NC_001733	TA	3	6	2777	2782	50 %	50 %	0 %	0 %	10954534
77	NC_001733	GAT	2	6	2795	2800	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10954534
78	NC_001733	T	6	6	2837	2842	0 %	100 %	0 %	0 %	10954534
79	NC_001733	T	6	6	2859	2864	0 %	100 %	0 %	0 %	10954534
80	NC_001733	T	7	7	2868	2874	0 %	100 %	0 %	0 %	10954534
81	NC_001733	CT	3	6	2875	2880	0 %	50 %	0 %	50 %	10954534
82	NC_001733	AC	3	6	2917	2922	50 %	0 %	0 %	50 %	10954534
83	NC_001733	TAGG	2	8	2943	2950	25 %	25 %	50 %	0 %	10954534
84	NC_001733	TCA	2	6	2974	2979	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	10954534
85	NC_001733	ATCC	2	8	2980	2987	25 %	25 %	0 %	50 %	10954534
86	NC_001733	ATC	2	6	3120	3125	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	10954534
87	NC_001733	TCTCT	2	10	3185	3194	0 %	60 %	0 %	40 %	10954534
88	NC_001733	ATA	2	6	3201	3206	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10954534
89	NC_001733	TCA	2	6	3301	3306	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	10954534
90	NC_001733	ATTT	2	8	3390	3397	25 %	75 %	0 %	0 %	10954534
91	NC_001733	TAA	2	6	3407	3412	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10954534
92	NC_001733	CT	3	6	3424	3429	0 %	50 %	0 %	50 %	10954534
93	NC_001733	ACA	2	6	3430	3435	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	10954534
94	NC_001733	TAA	2	6	3487	3492	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10954534
95	NC_001733	ATTA	2	8	3528	3535	50 %	50 %	0 %	0 %	10954534
96	NC_001733	CTT	2	6	3578	3583	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10954534
97	NC_001733	TAGA	2	8	3599	3606	50 %	25 %	25 %	0 %	10954534
98	NC_001733	A	6	6	3625	3630	100 %	0 %	0 %	0 %	10954534
99	NC_001733	TAA	2	6	3632	3637	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10954534
100	NC_001733	AAT	2	6	3645	3650	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10954534
101	NC_001733	ATT	2	6	3690	3695	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10954534
102	NC_001733	AAT	2	6	3703	3708	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10954534
103	NC_001733	CCA	2	6	3709	3714	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	10954534
104	NC_001733	TAAG	2	8	3717	3724	50 %	25 %	25 %	0 %	10954534
105	NC_001733	TTTTC	2	10	3757	3766	0 %	80 %	0 %	20 %	10954534
106	NC_001733	TCT	2	6	3772	3777	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10954534
107	NC_001733	AAT	2	6	3799	3804	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10954534
108	NC_001733	CAT	2	6	3818	3823	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	10954534
109	NC_001733	AAT	2	6	3824	3829	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10954534
110	NC_001733	TTA	2	6	3830	3835	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10954534
111	NC_001733	T	6	6	3846	3851	0 %	100 %	0 %	0 %	10954534
112	NC_001733	TTC	2	6	3866	3871	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10954534
113	NC_001733	T	6	6	3951	3956	0 %	100 %	0 %	0 %	10954534
114	NC_001733	T	6	6	4008	4013	0 %	100 %	0 %	0 %	10954534
115	NC_001733	ACT	2	6	4035	4040	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	10954534
116	NC_001733	T	6	6	4047	4052	0 %	100 %	0 %	0 %	10954534
117	NC_001733	TCT	2	6	4123	4128	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10954534
118	NC_001733	T	6	6	4128	4133	0 %	100 %	0 %	0 %	10954534
119	NC_001733	AT	3	6	4162	4167	50 %	50 %	0 %	0 %	10954534
120	NC_001733	AAT	2	6	4193	4198	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10954534
121	NC_001733	ATCTTT	2	12	4236	4247	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	10954534
122	NC_001733	T	6	6	4245	4250	0 %	100 %	0 %	0 %	10954534
123	NC_001733	ATC	2	6	4320	4325	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	10954534
124	NC_001733	TAA	2	6	4332	4337	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10954534
125	NC_001733	T	6	6	4428	4433	0 %	100 %	0 %	0 %	10954534
126	NC_001733	T	6	6	4530	4535	0 %	100 %	0 %	0 %	10954534
127	NC_001733	ATC	2	6	4629	4634	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	10954534
128	NC_001733	ATA	2	6	4714	4719	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10954534
129	NC_001733	CAA	2	6	4724	4729	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	10954534
130	NC_001733	TAA	2	6	4733	4738	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10954534
131	NC_001733	CTT	2	6	4760	4765	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10954534
132	NC_001733	TTTG	2	8	4792	4799	0 %	75 %	25 %	0 %	10954534
133	NC_001733	ACC	2	6	4810	4815	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	10954534
134	NC_001733	A	6	6	4824	4829	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_001733	ATT	2	6	4835	4840	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_001733	AAC	2	6	4926	4931	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	10954535
137	NC_001733	T	6	6	4951	4956	0 %	100 %	0 %	0 %	10954535
138	NC_001733	GAT	2	6	4959	4964	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10954535
139	NC_001733	T	6	6	4977	4982	0 %	100 %	0 %	0 %	10954535
140	NC_001733	AT	3	6	5023	5028	50 %	50 %	0 %	0 %	10954535
141	NC_001733	T	6	6	5028	5033	0 %	100 %	0 %	0 %	10954535
142	NC_001733	ATT	2	6	5058	5063	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10954535
143	NC_001733	A	6	6	5097	5102	100 %	0 %	0 %	0 %	10954535
144	NC_001733	ATC	2	6	5287	5292	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
145	NC_001733	ACCTC	2	10	5297	5306	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
146	NC_001733	TAT	2	6	5307	5312	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_001733	TTC	2	6	5345	5350	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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149	NC_001733	AATT	2	8	5458	5465	50 %	50 %	0 %	0 %	10954536
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152	NC_001733	CAT	2	6	5521	5526	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	10954536
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162	NC_001733	TTTCT	2	10	5779	5788	0 %	80 %	0 %	20 %	10954536
163	NC_001733	T	6	6	5809	5814	0 %	100 %	0 %	0 %	10954536
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166	NC_001733	TCA	2	6	5909	5914	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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169	NC_001733	AATT	2	8	5965	5972	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
170	NC_001733	TAT	2	6	5973	5978	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
171	NC_001733	AAT	2	6	6077	6082	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
172	NC_001733	ATA	2	6	6085	6090	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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174	NC_001733	AATT	2	8	6130	6137	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
175	NC_001733	GAAAA	2	10	6182	6191	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
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177	NC_001733	TTA	2	6	6272	6277	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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279	NC_001733	TAT	2	6	11359	11364	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10954540
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281	NC_001733	TTC	2	6	11420	11425	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10954540
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403	NC_001733	TCCA	2	8	16399	16406	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
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406	NC_001733	T	7	7	16488	16494	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.